La direction de l’Ecole Doctorale est assurée par un bureau composé des membres suivants :
Le directeur et le directeur adjoint sont nommés par le Président de l'Université, après avis du Conseil scientifique, sur proposition du collège des représentants des laboratoires. Les autres membres du bureau sont élus par le Conseil de l’Ecole Doctorale sur proposition des laboratoires membres.
Le bureau de l’Ecole Doctorale prend les décisions courantes de fonctionnement : mise en place des enseignements, dispenses de master, dérogations pour les inscriptions en thèse, désignation des rapporteurs et des jurys de thèse, exécution du budget, contacts réguliers avec les représentants des doctorants.
Le directeur et le bureau de l'Ecole Doctorale seront assistés d'un Conseil. Celui-ci émet des avis sur l'organisation et le fonctionnement de l'Ecole Doctorale (politique scientifique et pédagogique de l’ED, programme de formation assurée par l’ED, encadrements des doctorants, contrôle scientifique des thèses, dérogations pour les réinscriptions, décisions d'attribution des allocations...). Il veille au respect des principes de la charte des thèses de l'établissement. Il établit de manière périodique (au moins une fois par an) un compte rendu des activités de l'ED.
Conformément à l’Arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale, le Conseil est constitué de 26 membres.
Les représentants des laboratoires au sein du Conseil sont désignés par chacun des laboratoires, selon leurs règles propres. Les directeurs et directeur-adjoint sont désignés par voie d'élection par le collège des représentants des laboratoires. Les représentants du personnel et des doctorants sont désignés par voie d'élection, par collège séparé. Les membres extérieurs sont désignés par les 13 représentants internes et les 5 représentants des doctorants.