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L'ICOA est né du regroupement de plusieurs laboratoires dont l'ancêtre fut le laboratoire de biochimie structurale (LBS) crée en 1969 dans les locaux du bâtiment de physique-Chimie de l'Université d'Orléans, mais qui obtint son premier contrat d'association avec le CNRS en 1978. Le LBS se rapproche du laboratoire de Chimie Bio-Organique et Analytique en 1991 pour donner le laboratoire de Chimie des Sucres et Molécules Apparentées, et finalement en 1995 l'actuel ICOA.Depuis 2000 l'ICOA est une unité mixte de recherche associant le CNRS et l'Université d'Orléans. En janvier 2009, l’équipe de Productique Chimique (LPC) de l´IUT d´Orléans fusionne avec l´Institut de Chimie Organique et Analytique (ICOA) sous la forme d´un nouvel axe de recherche "Procédés".
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Les directeurs successifs :
- Pierre SINAY, 1978-1987
- Jean-Marie BEAU, 1987-1994
- Gérald GUILLAUMET, 1994-2006
- Olivier MARTIN, 2006
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