" Soutenance de thèse de Cédric NADIRAS. | Université d'Orléans

Université d'Orléans

Soutenance de thèse de Cédric NADIRAS.

07/12/2018 - 14:00 - 07/12/2018 - 18:00

URL: http://www.univ-orleans.fr/actus/soutenances

Nom du contact: Etudes Doctorales

Courriel du contact: etudes.doctorales@univ-orleans.fr

Lieu: CBM - Rue Charles Sadron - campus CNRS Orléans

Titre : Étude des mécanismes de reconnaissance du transcrit dans la terminaison de la transcription Rho-dépendante.

Discipline : Biologie Moléculaire et Cellulaire

ECOLE DOCTORALE SSBCV

Résumé :

Rho est un facteur protéique bactérien organisé en anneau homo-hexamérique qui induit la terminaison de la transcription. Rho se fixe aux transcrits naissants au niveau d’un site Rut (Rho-utilization) libre à partir duquel il transloque le long de l’ARN (5’→3’) de façon ATP-dépendante pour rattraper le complexe d’élongation de la transcription et induire la dissociation de celui-ci. Il est généralement admis que les sites de fixation de Rho présentent une richesse en Cytosines et une pauvreté en Guanines, ainsi qu’une relative pauvreté en structures secondaires. Les études génomiques ou transcriptomiques n’ont pas dégagé d’éléments consensus ou de règles permettant de prédire les sites de terminaison Rho-dépendants. En combinant approches biochimiques et bioinformatiques, j’ai tenté de comprendre les mécanismes par lesquels Rho reconnait les transcrits. J’ai identifié un ensemble de déterminants de séquence qui, pris ensemble, possèdent un bon pouvoir prédictif et que j’ai utilisé pour construire le premier modèle computationnel capable de prédire la terminaison Rho-dépendante à l’échelle des génomes d’E. coli et Salmonella. J’ai caractérisé in vitro certains de ces terminateurs, en particulier dans les régions 5’UTR, avec l’espoir qu’ils soient impliqués dans des mécanismes de régulation conditionnelle. J’ai identifié des candidats dont l’activité pourrait être sous le contrôle de facteurs comme des petits ARN non codants (sRNA) ou la température. J’ai également développé une méthode fluorogénique pour détecter facilement la terminaison Rho-dépendante in vitro et ai commencé à adapter l’approche CLIP-seq à l’étude du transcriptome Rho-dépendant chez Salmonella. Collectivement, mes travaux offrent de nouveaux outils d’analyse et de prédiction de la terminaison Rho-dépendante, une meilleure cartographie des sites d’action de Rho chez E. coli et Salmonella, ainsi que de nouvelles pistes d’étude du rôle de Rho dans l’expression conditionnelle du génome.