Première Journée des Doctorants du LIFO
Lundi 2 novembre 2009, LIFO, Orléans

La première Journée des Doctorants du LIFO aura lieu le lundi 2 novembre 2009 dans l'amphi Herbrand du bâtiment IIIA.
Cette journée, ouverte à tous, sera l'occasion pour les doctorants de notre laboratoire de présenter l'avancée de leur travaux sous différentes formes (exposés, posters, etc.).

Programme

Exposés

Julie DUBOIS
Utiliser la diversité pour mieux explorer le vivant

Résumé : Les entreprises pharmaceutiques sont à un tournant de leur histoire. Le nombre potentiel de molécules candidates est si important qu'il leur est impossible de toutes les tester pour découvrir de nouveaux médicaments, pour des raison de coût et de temps. L'intelligence artificielle entre alors en jeu.
Concrètement, notre but est de leur concevoir des librairies restreintes de molécules, qui soient les plus diverses possibles. Ils pourront ainsi tester la meilleure représentation possible de l'ensemble des molécules existantes. Au-delà du choix de l'algorithme de sélection, nous devons décrire un espace chimique de référence dans lequel s'orienter, choisir des descripteurs pertinents au regard de la diversité, et une mesure de comparaison des molécules adaptée à notre problématique. Mais surtout définir le critère de validation de la diversité et pour cela donner une définition précise et mathématique de cette dernière pour le domaine de la pharmaceutique. Enfin notre algorithme devra être le plus flexible possible aux demandes des utilisateurs qui imposent souvent des contraintes très variées.
Directeurs : Christel VRAIN et Luc MORIN ALLORY

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Matthieu LOPEZ
Apprentissage de spécifications de CSP

Résumé : Les problèmes de satisfaction de contraintes (CSP) permettent de modéliser une large gamme de problèmes de décision allant des puzzles arithmétiques à des problèmes d'ordonnancement. Même si le but de la programmation par contraintes est de fournir un moyen simple d'écrire ces problèmes, nous avons pu constater par expérience que le niveau d'expertise requis pour modéliser un problème était trop élevé pour des non-experts du domaine ou bien des informaticiens généralistes. C'est pourquoi nous nous intéressons à l'acquisition automatique de spécifications de CSP, un objet plus abstrait qu'un modèle.
Dans cette présentation, après avoir présenté un langage de spécification simplifiée, nous formalisons le problème d'apprentissage de spécifications de CSP en le ramenant à un problème de programmation logique inductive. Nous montrons les difficultés rencontrées en utilisant les techniques de l'état de l'art : la non-pertinence du critère de couverture des exemples et la grosse taille de l'espace de recherche. Enfin nous présentons une technique pour dépasser ces limitations et montrons son efficacité avec des expériences aux résultats encourageants.
Directeur : Arnaud LALLOUET
Co-encadrants : Lionel MARTIN et Christel VRAIN

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Noman JAVED
OSL: Optimized Bulk Synchronous Parallel Skeletons on Distributed Array

Résumé : The existing solutions to program parallel architectures range from parallelizing compilers to distributed concurrent programming. Intermediate approaches propose a more structured parallelism: Algorithmic skeletons are higher-order functions that capture the patterns of parallel algorithms. The user of the library has just to compose some of the skeletons to write her parallel application. When one is designing a parallel program, the parallel performance is important. It is thus very interesting for the programmer to rely on a simple yet realistic parallel performance model such as the Bulk Synchronous Parallel (BSP) model. We present OSL, the Orléans Skeleton Library: it is a library of BSP algorithmic skeletons in C++. It offers data-parallel skeletons on arrays as well as communication oriented skeletons. The performance of OSL is demonstrated with two applications: heat equation and FFT.
Directeur : Frédéric LOULERGUE

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Jonathan ROUZAUD-CORNABAS
Prévenir des ruptures de propriétés de sécurité sur un système d'exploitation : une approche basée sur la dépendance causale

Résumé : Les propriétés de sécurité permettent d'exprimer des faits qui doivent toujours être valables sur le système pour que ce dernier garde un bon niveau de sécurité. Les propriétés de sécurité sont de type intégrité, confidentialité ou disponibité.
Dans cet exposé, je parlerai de la propriété de non-interference et une nouvelle manière de la représenter pour les OS. Pour cela, j'introduirai un langage d'expression de propriétés de sécurité et une preuve du fonctionnement de la propriété de non-interference. Je présenterai l'architecture et l'implémentation des propriétés de sécurité sur un système d'exploitation classique (Linux). Je reviendrai sur les performances ainsi que sur l'efficacité de mon implémentation.
Directeur : Christian TOINARD

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Julien TESSON
Développement systématique de programmes parallèles BSP corrects

Résumé : Nous proposons un cadre de développement de programmes BSP corrects par affinement de spécifications fonctionnelles en COQ. Nous nous intéressons en particulier à :

• l'expression de programmes sous forme d'homomorphismes de listes particuliers, transformables en programmes parallèles ;
• l'utilisation des « types classes » de COQ pour l'automatisation des transformations ;
• l'extraction de programmes efficaces (utilisation des types natifs).

Directeur : Frédéric LOULERGUE

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Hiep-Thuan DO
Calcul parallèle des bassins versants dans le Modèle Numérique de Terrain

Résumé : L'hydrogéologie est une branche interdisciplinaire traitant du flux de l'eau souterrain à travers les aquifères et autres milieux poreux. Le problème de la délimitation des bassins versants est une étape dans la série d'analyse de l'écoulement de l'eau dans les MNT (Modèles Numériques de Terrains). Il est très proche de la LPE (Ligne de Partage des Eaux) dans la morphologie mathématique. La délimitation des bassins versants est un processus de partition d'un MNT en bassins versants disjoints, en fonction de l'altitude. Ces bassins versants sont considérés comme cuvettes. Cette présentation propose une implémentation parallèle rapide et flexible pour ce type de calculs dans les grands MNT. Notre algorithme vise à utiliser toutes les propriétés spécifiques du problème afin d'optimiser les calculs locaux et d'éviter des communications inutiles ou les synchronisations. L'algorithme a été implémenté sous MPI (Message Passing Interface) et des premiers benchmarks montrent scalabilité de la méthode.
Directeur : Sébastien LIMET

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Posters

Mathieu CHAPELLE
Constructing Brambles

Directeur : Ioan TODINCA

Thang Quang DINH
Learning the structure of Markov Logic Networks

Directrice : Christel VRAIN
Co-encadrant : Matthieu EXBRAYAT

Jacques-Henri SUBLEMONTIER
Un modèle de clustering flou collaboratif pour les données multi-représentées

Directrice : Christel VRAIN
Co-encadrants : Guillaume CLEUZIOU et Lionel MARTIN

Ahmed TURKI
Integrating Heterogeneous Simulation Codes in FlowVR Interactive Applications

Directeur : Sébastien LIMET
Co-encadrante : Sophie ROBERT

Présentations courtes des doctorants en première année

Simon ARVAUX
Modélisation du risque de crue et visualisation de données massives en géoscience

Directeur : Sébastien LIMET
Co-encadrants : Emmanuel MELIN et Sophie ROBERT

Thomas PINSARD
Langages de programmation parallèle : sémantiques et vérification des implantations

Directeur : Frédéric LOULERGUE
Co-encadrant : Yohan BOICHUT

Maxime SENOT
Modèles géométriques de calcul : machines à signaux

Directeur : Jérôme DURAND-LOSE